１．種子法廃止を決定するまでのプロセスがあいまいであること。
稲・麦・大豆の主要農作物は国の基本的な食糧、基幹的な作物であり、その安定供給は国の最大の責務である。このため、主要農産物種子法を定め、種子の生産及び普及のための都道府県の責務（原種及び原原種の生産、圃場の確保、奨励品種の決定など）を規定。
つまり、この法律の主役は都道府県であり、尊重すべきは都道府県の声であるにもかかわらず、今回の法律廃止に当たり、都道府県の意見を一切聞いていない。
一方で、規制改革派の委員をメンバーとした、官邸主導の「規制改革推進会議」「未来投資会議」からの提言のみで廃止という重要な決定を決めた。
本来重視すべきは現場の声であり、現場を知らない規制改革派委員の声で政策がゆがめられているのは大問題である。
２．食料の安定供給に問題が生じる可能性があること。
食料の安定供給の実現には、地域の環境に適した優良品種の開発とともに、必要な種子を確実に生産し、適正価格で生産農家に販売することが前提となる。
このため種子法は、主要農作物種子の開発、生産・普及、流通のうち、生産・普及における都道府県の役割を規定することで、食料の安定供給の前提となる種子供給体制の構築に重要な役割を果たしてきた。
政府は、種子法が廃止された後も、都道府県による原種・原原種の生産、種子協会による需給調整など、現行の種子供給体制は変わらないとしているが、根拠法を失うことにより、今まで責任ある立場で普及や開発、供給を担っていた都道府県の取り組みが継続されるだろうか。
さらに、これまでこの法律を根拠に種子生産に対する財政支援として、地方交付税交付金が配分されていたが、根拠法を失うことにより、交付税措置が確保できるのかどうかの担保を失う。都道府県財政当局が長期的に財源を確保することが困難になると危惧される。
３．民間企業の参入により国内の種子生産、利用に深刻な影響が生ずる危険性。
例えば、民間企業が開発したF1種子が広く普及した場合、その企業の種子への依存が高まり、地域農業が企業の方針に左右される危険性が生じる。
また、将来的に国際的な巨大資本による国内市場への参入や、国内企業の買収等が生じた場合、優良な品種が海外へ流出する懸念や、外資の種子のシェア拡大が食料安全保障に悪影響を及ぼす懸念がぬぐえない。
加えて、農業競争力強化支援法案には、「都道府県が有する種子生産に関する知見の民間事業者への提供を促進する」との規定があり、知的財産、特許の流出にもつながりかねない。
４．そもそも今、種子法を廃止しなければならない理由がない。
規制改革推進会議や未来投資会議以外に種子法を廃止して欲しいと要望を出している関係者は見当たらない。
政府は種子法が民間の品種開発の意欲を阻害しているため廃止するとし、その根拠として民間の品種が都道府県の奨励品種に採用されていない事実を挙げているが、種子法は奨励品種の決定等について何ら規定しておらず、種子法によって民間の品種が奨励品種から排除された具体的事例も示されていない。
現実には、都道府県が自分たちの開発品種を自己都合で優先して奨励品種へ登録しているというよりも、民間の育成品種が本当に地域の気象や気候、地理に適合しているかというデータが不足していることから、データの蓄積のある県の育成品種を採用しているのであって、故意に排除しているわけではない。
不都合があるのなら、むしろ不都合部分の法律改正、もしくは制度の運用を改善すべきであり、このような対応により民間活力を活用しながら種子の安定的な供給体制を明確に担保していくべきではないか。
種子は国家戦略物資であり、国の責任で守るべきものである。
種子の国内自給を維持・向上させることは国の責務である。
種子法を廃止することは、このような国の責任・責務を放棄し、多様な環境にある地域農業を支えてきた都道府県による種子の生産・普及の仕組みを弱体化させるものである。
食料安全保障上の観点からも大きな問題があり、将来に禍根を残すことになる。
よって、本法案には反対である。